A Apple projectou o iPod para funcionar com o software de biblioteca multimédia iTunes, que permite ao utilizador gerir as bibliotecas de música no seu computador e no seu iPod. O iTunes pode sincronizar o conteúdo do iPod com o do computador sempre que o dispositivo for conectado ao computador.
Além das capacidades de reprodução de música e armazenamento de ficheiros, o iPod possui funcionalidades de PDA, isto é, pode armazenar cópia de informações da lista de endereços e iCal no Mac do utilizador, além de também poder exibir notas, apesar dos utilizadores não poderem editar nenhuma destas informações directamente no iPod.
Todas as gerações do iPod também apresentam jogos. Os iPods de primeira e segunda geração possuem um jogo chamado "Brick", e os de terceira e quarta geração possuem também três outros jogos, “Parachute”, “Solitaire” e “Music Quiz”.

O iPod possui uma meio de armazenamento dedicado, onde se encontra o seu sistema operativo. Um chip NOR flash ROM (de 1MB ou 512KB) adicional contém um programa bootloader que diz ao dispositivo para fazer o load do sistema operativo a partir do meio de armazenamento. Cada iPod tem ainda 32 MB de RAM (os de 60 e 80 GB têm 64MB de RAM). Uma porção da RAM é usada para manter o sistema operativo do iPod carregado a partir do firmware, mas a maioria da RAM serve para armazenar músicas na cache a partir do meio de armazenamento. Por exemplo, o iPod pode girar o seu disco rígido uma vez e copiar aproximandamente 30MB de músicas para a RAM, economizando assim energia por não ter que girar a drive uma vez por cada música.
Um equalizador permite ajustar várias frequências de áudio dentro do espectro de som (muito parecido com os controlos bass e treble num sistema stereo). A funcionalidade de equalização pode ser usada para optimizar o áudio playback para uma determinada sala, género de música, ou preferências de cada indivíduo.
O Rockbox[1] e o iPodLinux[2] oferecem alternativas open-source para o firmware e sistema operativo standard, respectivamente.

Todos os iPods podem funcionar como mass storage devices para armazenar ficheiros de dados, sendo esta função controlada pela opção "Enable Disk Use" no iTunes.
Se o iPod tiver sido formatado no Mac OS X será utilizado o sistema de ficheiros HFS+, que permite ao dispositivo ser utilizado como bootdisk. Se o iPod tiver sido formatado em Windows, será utilizado o sistema de ficheiros FAT32. Quando surgiram os iPods compatíveis com Windows, o sistema de ficheiros por omissão deixou de ser o HFS+ para ser o FAT32, embora este possa ser reformatado para o outro (excepto o iPod shuffle que é estritamente FAT32).
Ao contrário de outros MP3 players (inclusivé os PlaysForSure devices[9]), copiar os ficheiros directamente para o iPod, através de uma aplicação de gestão de ficheiros, não permitirá o acesso correcto aos mesmos. O utilizador terá de utilizar o software específicamente desenvolvido para tranferir ficheiros multimédia para o iPod, iTunes. Apenas deste modo os ficheiros estarão visíveis e acessíveis. Além do iTunes, existem ferramentas alternativas para as diferentes plataformas, que permitem efectuar a tranferência de ficheiros.
Através do iTunes não é possível transferir músicas ou vídeos do iPod para o computador, no entanto o iTunes 7 permite transferir para o computador a música adquirida online. Os ficheiros multimédia são guardados no iPod numa pasta oculta, todos com uma base de dados proprietária. Contudo, o conteúdo oculto pode ser acedido através do sistema operativo host, activando a opção que coloca os ficheiros ocultos visíveis. O áudio poderá ser asssim recuperado manualmente, e livremente acedido.

iTunes é uma aplicação player multimédia digital, criada pela Apple em 2001, permite reproduzir e organizar ficheiros de música e vídeo. Este programa possui uma interface que permite gerir os conteúdos do iPod.
Umas das grandes vantagens desta aplicação é a possibilidade de adquirir conteúdos multimédia (música digital, vídeos de música, programas de televisão, jogos para o iPod, entre outros) por download através da iTunes Store, bastando para isso ter ligação à internet.
Os ficheiros áudio adquiridos usam o formato AAC com cifra adicional. A cifra é baseada no sistema FairPlay DRM[3]. Os ficheiros poderão ser reproduzidos por um número ilimitado de iPods, mas por apenas 5 computadores.
Se gravarmos os ficheiros num CD áudio e depois os recomprimirmos para um formato com perdas diferente, é possível criar ficheiros áudio sem DRM, porém a qualidade estará reduzida.