O iPod destacou-se dos restantes players multimédia pela sua interface única, baseada numa clickwheel e pelos auscultadores com os fios brancos para todos os modelos.
O iPod tem cinco botões e as gerações mais recentes têm os seus botões integrados na clickwheel, o que permite ter uma interface limpa e minimalista.
Os botões existêntes são:

   • Menu – para percorrer menus e submenus e, em iPods mais antigos, para alternar a backlight
   • Center – selecciona um item no menu
   • Play/Pause – se for mantido funciona como botão para desligar
   • Fast Forward/Skip Forward
   • Fast Reverse/Skip Reverse

Outras operações, tais como fazer scroll pelos items do menu e controlar o volume, são efectuadas usando a clickwheel de forma rotacional. Estes iPods possuem ainda um switch Hold para evitar que se carregue num botão acidentalmente. Versões mais recentes do iPod têm a capacidade de pausar a música automaticamente sempre que os auscultadores são desconectados do dispositivo, mas não a voltam a reproduzir automaticamente quando estes voltam a ser conectados.
O iPod shuffle não possui uma clickwheel. Possui cinco botões dispostos de maneira diferente dos modelos maiores, ou seja, o botão de Play/Pause situa-se no centro, rodeado dos botões para aumentar/reduzir o volume e fazer skip para a frente ou para trás.