A primavera de 2003 viu as vendas do iPod dispararem com o lançamento do 3G. A terceira geração do iPod veio em 28 de Abril de 2003 e ao contrário do 2G onde todos os iPods eram fabricados com discos rígidos formatados para uso num Macintosh, nesta geração o dispositivo vinha com um CD-ROM que permitia reformatá-los para serem usados com PCs Windows.
Uma das maiores mudanças neste modelo foi suportar um novo dock connector que suportava tanto o FireWire como USB 2.0, o porto USB era muito mais comum nos PCs do que o porto FireWire e desta forma muito mais pessoas conseguiram usar o iPod com os seus PCs.

Todos os botões, e não só a scroll wheel, passaram a ser touch sensitive (sensível ao toque) não dando assim qualquer feedback táctil ao utilizador, estes brilhavam por alguns segundos quando tocados, facilitando a sua utilização no escuro. Embora houvesse pessoas que criticassem os novos botões, por serem difíceis ou mesmo impossíveis de encontrar a menos que se olhasse para o iPod, isto não o impediu de se tornar um sucesso mundial.
Contudo, essas dificuldades provavelmente contribuíram para a necessidade de um novo design (a click wheel), há quem sinta que devido à falta de partes móveis neste iPod (com excepção do disco rígido), tornou-o um dos melhores iPods já produzidos.
O suporte áudio suporta agora os formatos MP3 (32 até 320 Kbps), MP3 VBR, AAC (16 até 320Kbps), WAV, AIFF (somente para o Mac) e Audible (para mais especificações click aqui).
Esta versão não possuía suporte para imagem e vídeo.
Ao mesmo tempo a Apple lançou mundialmente a iTunes Music Store que disponibilizava de forma legal milhares de musicas, o que só contribuiu ainda mais para o aumento das vendas do iPod e fez com que se tornasse uma das imagens de marca da Apple. Isto também marcou o fim da relação da Apple com a MusicMatch que por sua vez também lançou a sua loja. Músicas compradas na MusicMatch não podiam ser tocadas no iPod. Para o desgosto de muitos utilizadores de PCs, a iTMS (iTunes Music Store) necessitava do iTunes, que só era disponibilizado para o Mac OS X até Junho de 2003. No final a Apple lançou o iTunes para o PC, permitindo a utilizadores do Windows acesso a iTMS.
No entanto nem tudo correu bem para a Apple e para o iPod, muitas das baterias usadas no iPod original começaram a falhar no Outono de 2003. Um processo foi imposto à empresa, a Apple eventualmente aceitou substituir a bateria dos iPods, mesmo se estivessem fora da garantia (contudo esses clientes tinham que pagar uma taxa de US$99).
Por este ser o primeiro iPod com sucesso visível, muitas pessoas pensam que o iPod 3G é o iPod original e mais antigo, apesar do 1G e 2G que vieram antes. A alteração mais importante ao iPod não foi de hardware ou software mas sim a concretização do objectivo de Tony Fadell de criar um negócio à volta do iPod.