Lançado em 6 de Janeiro de 2004, podendo armazenar até 1000 musicas codificadas no formato 128-Kbps AAC. O preço era de US$249 (naquela época só US$ 50 abaixo de um iPod 3G com 15 GB). Os críticos achavam muito caro, mas, mais uma vez tornou-se rapidamente popular.

O iPod Mini trouxe a click wheel como principal inovação. A roda clicável possibilitava ao utilizador mover o dedo por dentro da roda para efectuar as selecções no ecrã, enquanto os botões Menu, Back, Forward e Play/Pause ficaram como parte da própria roda, permitindo ao utilizador pressionar a parte da roda para efectuar as suas funções. O botão central continuou a funcionar como botão para realizar selecções. A roda continuou na geração seguinte.
A nível de suporte áudio o Mini suportava os formatos AAC (16 até 320 Kbps), MP3 (32 até 320 Kbps), MP3 VBR, Audible, AIFF (somente para o Mac) e WAV (para mais especificações click aqui). Contudo não possuía suporte para imagens ou vídeo.